Graphviz dot可以试一试
感谢推荐，不过GDL不是这个需求的合适解，我希望能可视化、交互地调整笔记间的关系。
或许canvas只负责画线条和框框，文字就用 position: absolute 的 div来显示，配合好放大缩小 zoom:…
基本思路，我也没去了解这些，只是猜测的
感觉是一个好想法，现在的双向链接是有点太过于臃肿了，导致我不敢随意建立链接，怕关系图错综复杂变成意大利面条。描述一下楼主的想法应该就是：
像照片式地查看笔记、像警官追查真相一样将材料用大头钉钉在白板上面、用可以擦拭的白板笔来画出笔记之间的联系、自由地写各种注解，以期找到看似无关的材料之间的线索中隐藏的真相。
你在那个帖子下面有没有看到我的回复。
你在drawio里显示一下markdown试试。
楼主首先要的是一个笔记，然后是才是布局。
div怎么能放大缩小呢？
我觉得你应该需要做一个markdown转canvas的库。
markdown的语法分析库有了，剩下的就是ast树转canvas了。
应该就是这样，我用浏览器的f12开发者工具查看了一些在网页中实现的类似execl表格的前端（某大厂的在线电子表格），当没有在表格中输入文字时，就是一个canvas绘制的线条和框框，当我开始在表格中输入文字，在canvas标签之上就出现了一堆position: absolute;的div标签
翻了一下我的org笔记，div的放大缩小我所知性能最好的方法是使用css3动画和transform:scale(x,y)属性
明白了，我如果是真的需要梳理结构，会用 Scapple。但它和 Org-mode 不打通。
后来，结构越来越多是映射在脑子里了，不太直接用可视化工具把它展现出来。
我自己也有用draw.io与org-mode结合使用：请不要神化双链笔记 - 少数派
问题就如您所说，不打通，这样的操作流程是：
- 在emacs找到笔记
- 复制笔记的org-protocol连接
- 在draw.io新建图形
- 在draw.io编辑标题
- 在draw.io设置图形的链接为笔记的org-protocol连接
我现在希望：
- 在白板工具搜索
- 从搜索结果中选择，笔记添加到白板后，自动把笔记标题、内容、指向org-mode的链接设置好
我经常需要把超出大脑容量的内容压缩成一个大脑容量以内的模型，这个过程需要一个可视化的工具，不打通的话效率比较低下。
感谢 wsug 和 Soul-Clinic 的启发，我觉得这个思路好像没问题，我看了下draw.io的实现，它绘制图形和展示文字的是两个元素：
图形用svg，文本把markdown或org-mode转html，放在div
看了你写的文章，发现树状图还是有用，与其说是树状图，不如说是上下文。如果把上下文扁平化应该会增加理解的负担，也会失去重点。
标签和双链其实是一个东西，通过特殊标记指定一个节点。只是双链有一个特殊的节点，可以保存内容而已。如果双链被引用的太多，它和标签又有什么区别呢？
万事俱备，只差动手了。开始吧！
请教一下： “ 复制笔记的org-protocol连接” 这个操作是怎么做的？
我觉得关联图上只需要展示标题和关联就行了吧,为什么要在关联图上展示详细内容呢,这么设计的好处是什么?
大佬准备弄个新的扩展嘛？org-media-note，这个扩展我用的非常好。
配置好protocol，复制笔记的org-protocol链接就只是获取笔记id，拼成org-protocol链接的格式就好，参见： org-roam/org-roam.org at master · org-roam/org-roam
最近阅读《理与人》就特别有感触，哲学书逻辑缜密、很多概念又不太熟悉……
