确实存在这个问题，主要是代码块引起的，如果是简单文本，100M 都没问题。
你可以把内容按主题放到单独的文件中，如果单个代码块就超大了，还是存源文件比较好，不要用代码块。
使用 Emacs Org-mode 构建笔记系统
