今天也遇到这个问题，spacemacs 可以很好的解决这个问题。
推荐做法是在 private layer 中这样声明你的本地包：
(my-package :location (recipe :fetcher local))
这样 spacemacs 会利用 quelpa 安装本地包，并满足包的依赖关系（另外一种声明本地包的方式 :location local 是不考虑依赖的）。这种方式同样适用于多文件包。
如果你修改的包已经被 spacemacs 内建的 layer 初始化了，没有关系，在 .spacemacs 的 dotspacemacs-additional-packages 变量中加入（以 spaceline 为例）：
(spaceline :location (recipe :fetcher github :repo "et2010/spaceline"))
然后删除掉原来安装过的包，重启 spacemacs 即可。
联动贴：
我有一个大胆的想法，将 org-plus-contrib 也用这种方法管理，这样就可以放心大胆的 hack 而不用来回打补丁了。
于是就有一个问题，怎样在 github 上建立一个自动更新的 Org-mode git 镜像？或者干脆用本地包，等下试试。
我感觉 layer 应该是用来做某一项专门任务的；如果是是hack别人的代码，满足自己的极个性化需求，可以用 spacemacs|use-package-add-hook / with-eval-after-load；如果是别人的代码有 bug，最好的还是给它提 issue，等它修复
其实 spacemacs 中也用这种方式加入很多 hack 过的包。有的包早已年久失修，fork 然后修改是最可行的办法。有的要修改的函数太复杂，没法用 advice，又不想在自己的代码中复制整个函数，用这种方式可以保持自己的配置干净。
org-plus-contrib 不容易搞啊，有用 quelpa recipe 安装 org-plus-contrib 成功的吗？
Edit：
还真有：