之前一直用 LaTeX 写作，但作为一个 emacs 用户，早就考虑想用 org-mode 来写作数学书籍，这样做的好处有如下几点:
要想这样做，就要解决以下一些问题:
相关工具集合(感谢各位大拿的指出):
折腾记录: 使用 org-mode 写作数学书籍
不如直接用 Muse。
你说的是 Adobe muse 吗，我百度了下，好像只是一个网页设计软件啊。
Pandoc 可以在文档编译期间做很多事情，自己写扩展也不复杂 Pandoc Filters · jgm/pandoc Wiki · GitHub
不知道 pandoc + orgmode 具体怎么操作，没这样用过，以下是 google 到的一些资料：
为啥你们都在提别的工具我问的是 org-mode 呀，如果要用别的工具，我当然是直接上 latex 和 TeXmacs 啊。
并没有偏离主题呀，我的建议是，如果 org-mode 有问题不好解决，可以在文档导出的过程中处理。扩展 org-mode 本身，或者是把 pandoc 作为 org-mode 的 exporter，而扩展 pandoc 很容易。
https://www.gnu.org/software/emacs-muse/index.html
比起 Org 简单，本身就是为了导出 LaTeX 与 HTML 设计的，自定义空间更多。
我觉得能满足你上面提出的用 Org 的两个优点，同时还解决了你列出的大部分缺点。因为 Muse 可以直接内嵌任意语法，而且还有很棒的项目管理功能。
为啥不直接用AUCTex + cdlatex. 这样你就没必要为了latex中格式在org中找中间层处理的方法。latex本身写起来也很舒服啊，而且也没有复杂到哪里，可以用很多模版。 latex 本身也可以直接 生成html格式吧。
大体看了下，似乎是一个 org-mode 的类似工具，但是好像它能做的，org-mode 也都能做，具体到数学书籍的写作上，它与 org-mode 相比好像也没有多大区别。
之所以要用 org-mode 的原因，问题里已经说了，主要是为了同时得到书籍的 pdf 版本和 html 版本，你说 latex 本身可以直接生成 html 格式，这是怎么做到的，我搜了一下，似乎是有个叫 latex2html 的插件可以做这个事情，但是公式那些就变成图片了，我希望公式能由 mathjax 处理，就像 org-mode 所做的那样。
最全的标记语言转换工具：pandoc，它是支持 mathjax 的。
Less is more.
其实你写个 LaTeX 宏包也能解决……没有现成方案，Hack org-mode 也不会简单。
我还不具备 hack org 的能力，我先尝试一下直接写看看。
org不是用来做这个的，但是可以做一些基本的东西。如果要是想用org的话还是不错的。
优点：latex公式可以直接编辑、预览，很方便，与latex无异。文献的引用可以使用org-ref，没有任何问题。公式、图的引用我没有hack过，但是这个功能应该算是简单的了，不麻烦(org-ref在org-mode里可以实现，不知道转化后的效果如何)。自动编号这是latex的功能，应该是没有问题的。org可以多图显示在同一行，但是导出到latex的时候可能需要hack一下。脚注的使用，对这个不是很清楚。
缺点：org就是org，是emacs的一个mode，这是主要功能。latex的功能太多了，现阶段它不可能全都包括进来，org到latex的转换还没有那么完善，以后可能会越来越完善的。
另外，org可以很快的转换成latex，latex在emacs里是有直接的mode的，编辑起来很方便，可以做为后期的编辑器。
根据你的描述，果断继续 LaTex 吧。
与 markdown、org 这些“轻量级”标记语言相比，LaTex 最初是作为排版引擎出现的。
数学书籍后期还不知道要出现什么幺蛾子需求，使用 LaTex 是更为稳妥的做法。
至于使用过程中遇到的一些问题。
“繁琐的 LaTex 排版命令” — 这个补全引擎得努力，最好是按一个字母就出来补全列表的那种，这样一路 tab + return 就过去了。或者使用 LyX 等可视化排版软件大体上搞好，细节上再编辑器细修下就差不多了。
“HTML 版本生成” — 看看有没有现成工具什么的。没有的话，pandoc 好像能把 latex 转成 org？再 org 导出就能直接使用 org 的 html 框架和 css 样式了。可能同样需要细节修一下。
至于使用 mathjax 显示公式，直接 html 里引入 mathjax js 文件就行了，不需要怎么折腾。
支持楼主用 Org-mode，路是人走出来的，走的人多了路就有了。 Org-ref 的作者 John 就是用 Org-mode 写论文的。他也是 Scimax 的作者。你写论文或者数学书籍遇到的坑估计他都遇到过，你可以看他的博客能找到一些 方法和头绪 ，你会发现 John 的博客简直就是一个金库
另外推荐我们 Emacs 论坛某位活跃人士写的插件，估计也会对你有些帮助。
意义是人赋予的，只要用 Org-mode 写 Latex 的人越多，那么生态就越健全。
没写过什么复杂的文档，没有认真学／用过 LaTeX，org-mode 也只是拿来记录代码片段。
之前用 markdown + pandoc 做过 beamer，输出效果相当不错。对我这种对排版没什么概念的人来说，能想到各种效果，通过这个组合，基本都能实现。
写的时候更省事了，段落布局这些完全不用操心，基本上就是在写 markdown，需要特效的时候直接 Raw TeX，读源代码也不会觉得有太多标签干扰。当中有个需求比较特别：
| Markdown | TeX
|-------------------------|-----------------------------------------------
| \T{\begin{block}{}} | \begin{block}{}
| Markdown block here | Rendered block here
| \T{\end{block}} | \end{block}
|-------------------------|-----------------------------------------------
| foo: \T{\alert<2>{bar}} | foo: \alert<2>{bar}
我希望由 markdown 来给代码渲染&着色，但是又想要 beamer 里的那个 block 边框。就是在 Raw TeX 作用之前，先把 markdown 处理了，于是学着写了一个 pandoc filter (也许有其它方法，但是我不懂 latex，也没有太多时间去学习，而且不常用学了就忘😅)。
这里有个完整的例子（包含原文件和pdf）： Beamer + Pandoc · GitHub
果然一试一下，问题就来了，在输入行内公式的时候，公式与两边的中文必须至少有一个空格隔开，中文标点也不例外，否则导出为 html 的时候就不能被识别为公式。
是的，我也只是一个想法而已，现在对这个需求还不是很强。
对， 习惯用空格强制隔开才是王道。。。。
然后就是定理环境，导出为 html 后没有任何格式，跟正文一样，连 “定理” 的关键字前缀都没有。
