LdBeth
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找到了问题的原因。
原因是Spacemacs有一个叫做 org-plus-contrib 的包，是个能使 spacemacs-org 和 org 两个 Layer 同时对org进行配置的黑科技，本质上就是 org.el。在没有开启 org Layer 的时候，Spacemacs用的就是这个包。
但是启动时错误加载这个包会导致一些函数没有被正确定义，比如出现下面的错误：
File mode specification error: (void-function org-link-types)
为什么在 Dev branch 会出错呢？
issue里面有解释，最新版想要解决原先 可能 不能正确加载最新版org的bug，结果和原先的org Layer起冲突导致问题依旧存在，导致的题问中的Bug。似乎重新编译相应的包能解决。现在已经有提出相应的Fix，等待审理。
但是babel之类的功能在 develop brach 不能正确生效，需要重新配置。所以还是用 master吧。