是的，卡片盒笔记法的实现方式大多是一个笔记一个文件，我觉得原因一说是沿袭自卢曼「一个笔记-一个卡片-一个文件」，但是卢曼用一个卡片主要是为了方便唯一编号，进而构建联系。然而如今，笔记载体在从物理实体的卡片升级到数字笔记的过程，我们有更多的方法唯一表示笔记，执着于文件已不再必要，甚至heading的ID是比文件名更为可靠的标识方法。
因此，现在大部分是基于文件实现还是从逻辑复杂度出发的吧。毕竟文件与笔记的逻辑对应关系很明确。而对于heading而言，可能是通常意义的笔记，也可能是笔记中的大纲标题，我没有仔细考虑过，如果等同对待是否会有问题。brain也是先支持的文件笔记，再支持的heading笔记。
采用文件组织的另一弊端是把知识管理和日程管理再次割裂。因为multiple small files对于agenda而言简直是灾难。而知识管理+项目管理的无缝结合本来是org-mode的优势。
我觉得卡片盒笔记不是说反对大纲层级，而是说除了大纲层级之外多考虑其他的联系方式：引用与被引用，笔记的周围视觉，关键词等。如果是像某些人说的，用卡片盒笔记法主要原因是不用考虑笔记放在哪里。那其实把所有笔记作为heading放在一个org文件也是一样的。
目前基于org-brain加了Backlink的展示，还很粗略，只是简单满足个人当前需求。
关于笔记实践方法的更多讨论参见 对比 org-roam 和 org-brain - #19，来自 yuchen-lea