为了表示方便，假设将 org-roam-directory 设置为 “~/org/” 。
org-roam 默认会将数据库文件保存为 “~/org/org-roam.db”，但我偶然发现 “~/org/roam/org-roam.db” 也生成了结构相同的数据库，于是为了避免重复，就将 org-roam-db-location 设置为它了。
然后，我就发现每次重启 emacs，所有的 org-roam 文件索引都会完全丢失，表现为 C-c n r f 时，弹出的列表中没有任何文件。就算运行 org-roam-db-build-cache 指令，也无法找到。在使用过程中，当前编辑的 org 文件有可能会被添加到索引中。
后来发现，无论是否设置变量 org-roam-db-location，"~/org/roam/org-roam.db" 总是会生成，而且总是空的数据库，不知道 org-roam 生成这个东西是干什么的。猜测这个数据库是 org-roam 初始化时生成的垃圾文件，在生成数据库结构后会将这个文件复制到工作位置。而每次启动都会进行初始化导致该文件内容丢失。
最终，取消了 org-roam-db-location 配置，让其自然创建在 “~/org/” 目录之下，一切正常。
刚开始不知道这个原因，浪费许多时间去搜索，然而没有任何资料，难受。
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我遇到过这个问题，配置是基于doom的。问题的根源是org-mode的loading的问题。默认org-roam会随org的load一起load。然后org-roam在load的时候会直接读org-directory的值来设置org-roam-db-location，然后roam发现指定的位置没有数据库，就建了一个空的。你的org的配置一般是用with-eval-after-load之类的东西确保load之后得以运行。此时org-directory被设置成了你自己设置的值，然后org-roam-db-location也被同时更新(更新到(concat org-directory "/org-roam.db"))。但因为之前建过空的数据库了，所以roam认为现在的org-roam-db-location应该能找到数据库，结果发现没有，所以导致了这个问题。
我的解决方案是二分了一下自己的配置，发现出问题的配置是一行use-package。涉及的具体package我记不得了，但肯定是跟org有关的。最后在use-package里加了一行:defer t，解决问题。核心原因就是不要让org-roam被提前load。
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我用的也是 doom emacs，可能就是你所说的原因。
不过我的配置是在 ~/.doom.d/init.el 中启用
(doom!
;; ...
(org +roam)
;; ...
)
有什么办法配置它吗？在哪里找 use-package？
不是说doom本身的配置，而是你自己的配置文件里，有没有正确设置org-directory，有没有正确设置org-roam-db-location。最重要的是有没有load/require/use-package任何可能load org的包，如果有，需要把它改成lazy-loading。
既然是基于doom，那么最简单的就是在packages.el 里加一句(unpin! org-roam)。
因为是org-roam出问题，就该在org-roam这里解决嘛，不应该影响到其他包的加载，万一因为这个:defer t出现别的问题呢
EDIT: 以上是一派胡言
这个和unpin!有什么关系……unpin!只能保证装org-roam的时候能装到最新版(我没用过unpin!，如果文档理解错了请指正)。问题不是org-roam，而是org-roam的配置的一些代码在doom的关于org的配置运行之前被执行了
我遇到了类似的问题, 怎么改都不work…
正在用笨方法 直接抄Jethro Kuan的配置, 打算一点点改看什么地方出的问题
Jethro是org-roam的作者, 他也是用的doom emacs dots/.doom.d at master · jethrokuan/dots · GitHub
然后我发现Jethro 没有在init.el里用doom! (org+roam)的方式, 而是在package.el用 package! org-roam 来声明org-roam的
tyr
10
读取的应该是org-roam-directory吧，不是org-directory，如果真是这个逻辑，使用的是use-package加载的话，那么应该不用:defer t，而应该是用:init (setq org-roam-directory "~/org" org-roam-db-location "~/org/roam/org-roam.db")保证在org-roam加载之前org-roam-directory和org-roam-db-location已经正确设置了。