Org-ref integration with Skim.app [Update: 双向跳转]

fuxialexander · 2017 年12 月 20 日 08:21

写了点AppleScript和Elisp，成功实现了PDF文档里精确到annotation的跳转。

更新：增加了Skim annotation到Org heading 的跳转，依赖org-id，具体见Gist

我把第二个AppleScript用bettertouchtool设成3指Double Tap执行。这样在Skim里选中annotation，然后轻拍就可以跳到之前记过的org笔记了

gist.github.com

https://gist.github.com/fuxialexander/e9111f1f291aa6075950e08fdfa6eb13

org-ref-skim.el

(setq org-capture-templates (quote (("SA" "Skim Annotation" entry
                                     (file+function org-ref-bibliography-notes my-org-move-point-to-capture-skim-annotation)
                                     "* %^{Logging for...} :skim_annotation:read:literature:
:PROPERTIES:
:Created: %U
:CITE: cite:%(my-as-get-skim-bibtex-key)
:SKIM_NOTE: %(my-org-mac-skim-get-page)
:SKIM_PAGE: %(my-as-get-skim-page)
:END:
%i

该文件已被截断。显示原文

gist.github.com

https://gist.github.com/fuxialexander/58cb959be746990443ce952bdedf3f26

skim-to-org.applescript

tell application "Skim"
	set thedoc to the front document
	set anno to the active note of thedoc
	set newtext to text of anno
	set startpoint to (offset of "org-id:{" in newtext) + 8
	set endpoint to (offset of "}:org-id" in newtext) - 1
	if (startpoint - 8 is not equal to endpoint + 1) and (endpoint + 1 is not 0) then
		set orgid to characters startpoint thru endpoint of newtext as string
		do shell script "/usr/local/bin/emacsclient -n -e \"(progn (org-id-goto \\\"" & orgid & "\\\") (x-focus-frame (selected-frame)) (evil-exit-visual-state))\""
	end if

该文件已被截断。显示原文

stonejiajia · 2017 年12 月 20 日 09:07

厉害！！还有就是这 Emacs 界面调教的真漂亮。

fuxialexander · 2017 年12 月 20 日 09:14

多谢夸奖！

主题

github.com

fuxialexander/spacemacs-private-layer/blob/7a69aef96f241e820f93f592dc40e2b9d1dc9bc3/.spacemacs#L232


      
          ;; `spacemacs-buffer-startup-lists-length' takes effect.
          dotspacemacs-startup-lists nil
          ;; True if the home buffer should respond to resize events. (default t)
          dotspacemacs-startup-buffer-responsive nil
          ;; Default major mode of the scratch buffer (default `text-mode')
          dotspacemacs-scratch-mode 'text-mode
          ;; List of themes, the first of the list is loaded when spacemacs starts.
          ;; Press `SPC T n' to cycle to the next theme in the list (works great
          ;; with 2 themes variants, one dark and one light)
          dotspacemacs-themes '(
                                (modern-solarizedlight :location (recipe :fetcher github :repo "fuxialexander/modern-light-theme"))
                                )
          ;; If non-nil the cursor color matches the state color in GUI Emacs.
          ;; (default t)
          dotspacemacs-colorize-cursor-according-to-state nil
          ;; Default font, or prioritized list of fonts. `powerline-scale' allows to
          ;; quickly tweak the mode-line size to make separators look not too crappy.
          dotspacemacs-default-font '("operator mono lig"
                                      :size 13
                                      :weight normal
                                      :width normal

doom modeline:

github.com

fuxialexander/spacemacs-private-layer/blob/master/elisp/doom-modeline.el

;; -*- lexical-binding: t; -*-


;; TODO torgeir added this
(setq +doom-modeline-height 30)

(defun doom--resolve-hooks (hooks)
  (cl-loop with quoted-p = (eq (car-safe hooks) 'quote)
           for hook in (doom-enlist (doom-unquote hooks))
           if (eq (car-safe hook) 'quote)
           collect (cadr hook)
           else if quoted-p
           collect hook
           else collect (intern (format "%s-hook" (symbol-name hook)))))

(defun doom-unquote (exp)
  "Return EXP unquoted."
  (while (memq (car-safe exp) '(quote function))
    (setq exp (cadr exp)))
  exp)

This file has been truncated. show original

github.com

fuxialexander/spacemacs-private-layer/blob/7a69aef96f241e820f93f592dc40e2b9d1dc9bc3/.spacemacs#L446-L454


      
          (add-to-list 'load-path "~/.emacs.d/private/elisp/")
          (defun t/init-modeline () (+doom-modeline|init))
          (defun export-diary-from-cal ()
            (interactive)
            (start-process-shell-command "export diary" nil "/Users/xfu/.emacs.d/private/local/calendardiary 30 > /Users/xfu/Dropbox/org/cal.diary")
            )
          
          
(require 'doom-modeline)
          (add-hook 'after-init-hook #'t/init-modeline)

ashfinal · 2017 年12 月 20 日 09:30

壁纸不错 =՞ｪ ՞=

fuxialexander · 2017 年12 月 20 日 09:32

好像是系统自带的

ashfinal · 2017 年12 月 20 日 10:57

OK…Thank you.

ztlevi · 2017 年12 月 20 日 16:50

厉害了我的哥。。不过为了苹果全家桶，我还是默默的用ibook吧

et2010 · 2018 年5 月 13 日 13:56

很厉害，可惜没有 pdf-tools 的解决方案，我 google 了一下已有的 pdf-tools-org 好像问题很多。org-noter 不错，可惜不能提取高亮。不知道 @stardiviner 现在用的什么？

fuxialexander · 2018 年5 月 13 日 14:54

我这个也不是提取高亮呀我是选中之后在skim里高亮在emacs里加笔记我猜你改下pdftools里高亮的函数，在前面加个create note的函数应该就可以了？

et2010 · 2018 年5 月 13 日 15:14

嗯，找到一个解决方案，改一下应该就能用了：

et2010 · 2018 年5 月 14 日 09:23

上面的代码解决了高亮提取，以及从 org 文档跳转到 pdf 页面，但是怎样才能点击高亮（pdf-tools)，跳转到提取得到的链接呢？

感觉不太容易实现，我先这样凑合着用吧

fuxialexander · 2018 年5 月 14 日 11:38

跳转到链接比较困难我是跳转到对应的org heading

需要使用org-id给每个heading加一个unique id。然后highlight的同时把这个ID写进notes里，然后点击高亮的时候用一个函数match到这个id再用org-id-goto就可以了

et2010 · 2018 年5 月 14 日 13:54

这个链接里也有一套工作流：

http://tech.memoryimprintstudio.com/pdf-annotation-related-tools/#org0ed959e

fuxialexander · 2018 年5 月 14 日 13:56

666这个也不错

et2010 · 2018 年5 月 14 日 14:13

我的提取方法，基于 Org-noter:

https://github.com/et2010/org-noter/tree/work

et2010 · 2018 年5 月 15 日 07:58

虽然我现在还不能双向跳转，但是用起来已经非常爽了。

现在对我来说梦想中的功能就是在 pdf-tools 中可以用矩形框标注图片，然后用 org-noter 提取 annotation 的时候可以自动把图片以及位置提取出来。如果能办到的话简直就是科研神器了。以后作笔记什么的只用 emacs + pdf-tools + org-noter 最多再配上 zotero 就够了。

但是只能是个梦想，~~不知道为什么 pdf-tools 的作者很干脆地回绝了图片标注的 featrue request。~~

没有回绝，但是也没有在开发，矩形框标注也没有

pdf-tools 的 server 是 c 写的，hack 不动啊，哪位大神给指指路，有可能办到吗？

fuxialexander · 2018 年5 月 15 日 09:36

看了下有 pdf-tools/pdf-view.el at master · politza/pdf-tools · GitHub 这个function？只是没有画矩形注释的功能？那样的话其实新建一个普通文本注释占位置也可以吧

et2010 · 2018 年5 月 15 日 12:16

见我的帖子里提出的一种办法

pdf-tools 提取图片标注 Emacs-general

我想到一个主意，就是高亮图标题，图标题上一般都有编号。这样提取高亮文字后如果识别是图标题的话，就插入对应编号的图片。图片可以事先通过 bash 命令提取： pdfimages -all yourdoc.pdf ./fig 这样会在当前文件夹内生成 fig-000.jpg fig-001.jpg fig-002.jpg ... 等图片文件。这样如果提取的图标题是 Fig 1. Blah Blah Blah 那么可以用 elisp 代码判断是图标题，进而插入对应的图片 fig-000.jpg 待解决的问题，有些段落开头就是图编号（比如 Fig 1 shows，如果这类文字被高亮，则可能会和图标题混淆，导致在不该插入图片的地方插入图片。这个方法对于期刊论文一般没有问题，如果是学位论文，图标题一般带有章节编号，比如 Fig 2.1，而提取的图片仍然按照顺序编号，这样就没法根据图标题中的编号找到对应的图片了。这个应该怎么解决呢？有些 PDF 中可能会带有一些和正文无关的图片，比如 logo 什么的。用 pdfimages 命令会把这些多余的图片也提取出来，并导致…

fuxialexander · 2019 年8 月 2 日 15:03

我刚发现pdftools是有图片提取的功能的。。只不过没有矩形框标注

先用鼠标框出想截图的范围（按住拖拽，和微信截图一样，但是没有实时显示的矩形框，不过中间的文字会被选中）

然后运行pdf-view-extract-region-image这个函数图片就会出现在一个新的buffer中

其实可以hack一个新的函数先高亮标注选中区域内的文字，然后把截图保存在指定文件夹，名称包含bibtex-key或pdf文件名，页码甚至即将创建的org heading的ID等信息，然后将这些信息同时也保留在highlight note和org property里

这样也能实现双向跳转

xiaolaoc · 2019 年8 月 3 日 01:48

问下,可以用pdf-expert代替skim从而实现双向跳转吗