关于 org-noter 令人烦恼的问题

yibie · 2024 年4 月 30 日 11:55

【更新】目前尝试用 Zotero 来代替 Calibre，同时用 Bibtex 记录来保证笔记的引用，用 Org-noter 来找回引用的原始资料和上下文。

相关设置的参考这位数学博士的做法：金色飞贼小米的个人空间-金色飞贼小米个人主页-哔哩哔哩视频

有点烦恼，Calibredb.el 和 Org-noter 无法完美的配合，主要因为 Org-noter 采用古怪的定位笔记文件路径的方式（它采用启动一个 session 的方式来安排笔记文件的路径，而这个路径不可自定义）

而我努力了差不多有 4, 5 天, 也找不到合适的解决方案.

我现在希望重新确立一个更加严谨的笔记系统, 希望里面所记录的内容是可以找到对应出处的. 而整个流程最不能让人满意的, 就是 Org-noter, 我应该怎么弄, 才能够改变这个令人讨厌的插件呢? 一个想法是, 它应该采用类似 Org-roam V2 一样的做法, 将引用文献与笔记之间的关系储存在数据库里, 这样就可以避免倚赖文件名来进行检索和定位了.

我看到, Logseq 也在尝试推荐它的「数据库」版本, 做法也和 Org-roam V2 一样, 将关系储存在数据库里, 以提高检索的效率, 以及避免倚赖文件名定位这一脆弱的方法.

之前在 emacs-china 看到 @cireu 分享的 <终极 OS之梦>, 主要提到 “万物皆是数据库” 的思想, 这一思想的关键所在, 是在文件名之外, 提供了更多的 metadata, 为文件提供更丰富的维度; 此外, 也让文件以更丰富的方法进行组织和发现, 比如像 Calibre 这样为文件进行排序, 打标签, 打星标等等, 甚至可以提供更多的字段来丰富维度.

希望尽快提高自己的工程能力, 可以在 Org-noter 的基础上进行开发，形成 Org-roam + Calibredb + Org-noter + Org-roam-bibitex + helm-bibitex + org-ref 比较完美的笔记流组合.

unique_nospace_brief · 2024 年4 月 30 日 12:50

最近正在将 pdf 文件，存入 “git lfs” 中。并且修改笔记的链接形式，也是为了摆脱org link 的路径依赖。

希望对你有所帮助，简单说明如下：

书的信息，存在 org 文件的entry 下面。 org文件就是“数据库”了。 org-ql 可以用作搜索工具。

* xxxx.pdf
:PROPERTIES:
:LFS-SHA256: 1341cdc9f8609757533f9abbe023d7abcb60cc034af92fafbe6a97b0225bc257
:LFS-NAME: xxxx.pdf
:LFS-SIZE: 83084304
:LFS-ORI:  /home/r/Downloads/xxxx.pdf
:ID:       92e108c7-3e0a-4f13-a432-7cfd015d0d4a
:END:

书本的介绍，任何信息。

原本pdf 的链接，变成了。

[[lfs:pdf:92e108c7-3e0a-4f13-a432-7cfd015d0d4a::1][xxxx.pdf]]

lfs 是自己链接格式，主要功能是通过 org id （ “92e108c7-3e0a-4f13-a432-7cfd015d0d4a“），查找到对应的 org entry（* xxxx.pdf）。最后，获得 “LFS-SHA256”，是该pdf的 “sha256” 。

文件存于 Large File Storage (lfs) 中。根据文件的“sha256”，从lfs 服务端，下载文件到本地 cache 文件架。然后，修改链接信息，最终打开文件。

lfs 工具是 giftless (server 和 client)

aeghn · 2024 年5 月 1 日 13:58

我已经自己开始写笔记软件了…

树加编辑栏。

才开始使用 org-mode + org-roam，我的笔记里图片比较多， org-mode(emacs) 显示图片还是有点捉急，放弃。

又体验了 logseq，纯大纲编辑，感觉不如一边是大纲一边是编辑栏符合我的胃口，放弃。

后来发现了 trilium，一边是树一边是编辑区（多种类型），不支持提醒，魔改又比较麻烦，放弃。

最终，感觉还是自己从头写一个符合自己的最好。

采用 react-arborist + tiptap || axum + deadpool-postgreSQL 的架构，网页编辑，私有部署，感觉快要折腾到我笔记管理的尽头了。。。

所以我感觉楼主

希望尽快提高自己的工程能力

后，也会走上自己写一个的道路，野心是随着自己的能力增长的。

twiddling · 2024 年5 月 1 日 14:59

一种做法是，不用 org-noter ，手动用 store link 方式插入链接

pdf 等基于文件路径的链接用 #+LINK: 新建一个变量名引用到具体的文件路径，如果文件位置移动了，修改一下赋值就可以，只需要改一个地方。

yibie · 2024 年5 月 2 日 01:26

我确实有一些想法，但估计不会自己写，而是在 org-roam 的基础上进行二次拓展

yibie · 2024 年5 月 2 日 01:28

和 org-noter 结合还是很有必要的，因为它可以随时回到笔记、标注的上下文中，而不必重头再翻阅一次原始资料。我之前就是用 Obsidian 来同步所有我在网络上标记的内容，但脱离了上下文之后，这些标注就死掉了，是没有意义和价值的。

橘生淮南则为橘，生淮北则为枳的感觉。

yibie · 2024 年5 月 2 日 08:18

我发现，你的需求可能用 Supermemo 就能满足。不过，那个软件只有 Win，Mac 下还没见过同等强大的软件，除了 Emacs + Org-mode（但在间歇记忆法的表现上，也不如 Supermemo）。

LuminaDCIX · 2024 年5 月 13 日 06:52

提供一个不用 org-noter 的方法：如果是用 zotero 管理，需要引用原始资料的话，直接在 zotero 的 highlight 上复制粘贴就好了。粘贴过来是这样的。

“xxx” ([Ye 等, 2024, p. 3](zotero://select/library/items/3DLXUGX5)) ([pdf](zotero://open-pdf/library/items/94QWCZTL?page=3&annotation=Z7IXDCNE))

不过粘贴过来是一个markdown类型的连接，需要再处理一下。第二个链接就可以回到高亮处了。

twiddling · 2024 年5 月 27 日 03:47

这个确实因人而异了，我更倾向以下回答里的观点，笔记都是草稿性质的，不需要那么精确的对原文引用，有时候要注明出处，先贴一个总体链接，然后就像在纸质笔记上的，注明 p100 页或者第 3 段这样的标记就够了，根据这些信息打开链接很快也能找到(pdf mode 都可以直接输入页码跳转)，如果上下文比较少，直接全部复制到 org 也更容易阅读，精确同步的代价比较大，会导致org 文件里meta 信息太杂乱，有时候甚至比笔记内容还多

czqhurricane1 · 2024 年5 月 27 日 07:40

我也使用 org-noter 来梳理一本书的主要脉络。对于需要连接到其他 PDF 的引用出处，我是使用 store-link 的方式。

比如：

图中光标的连连，回车后，就会弹出一个临时的 frame，跳转到出处的精确位置。

2024-05-27 15.37.58

看完出处后使用 delete-frame，杀掉临时的 frame。

mistkafka · 2024 年5 月 28 日 02:29

这个观点蛮好的。我以前做什么管理（时间任务、笔记）都要做的很精细很精细。最后发现，太精细了反而成为一种负担。大部分东西只需要粗糙即可。

yuchen-lea · 2024 年7 月 4 日 09:13

这个功能不需要 org-noter ，只需要对org-ref 的 cite link进行hack就行，我的思路在把阅读作为方法：从选书到笔记的经验分享有简单分享：

关键是bib文件，这样就避免了文件路径的不稳定性。而有了bib文件，可以用zotero，也可以用calibre，只要保证生成的key保持不变就好。

可以看到，这是个cite链接，只是描述部分记录了页码和百分比（参考了org-pdftool的pdf链接）。光标放在上面会显示 bib 条目的信息：

点击链接可以打开org-ref的helm菜单，我定义了一些函数，可以用pdftool打开对应页面，也可以用pdf expert打开页面（借助keyboard maestro）：

这也避免了使用zotero链接，只能用zotero浏览的问题。现在记录了文件路径+页码，就可以用喜欢的方式来打开pdf了。

保存这种链接，有两种方式：

是看完书批量导出，用脚本很容易实现，我用的 pdfhelper。这是一个处理pdf文件的python脚本，可以导出pdf中的注释。org-noter-plus配合pdfhelper使用，这样不会卡死emacs。online应该还是老版的依赖org-noter，有时间我再更新这个插件，还得想个合适的名字。
在emacs边看边记录，hack一下pdf中的store link方法就好

这种思路也可以用在epub文件，这次链接描述是参考了nov链接

yibie · 2024 年7 月 6 日 12:17

非常棒的分享，不知道是否愿意公开你自定义的函数？

另，我现在对整个流程的理解和你类似，最终是 bib 文件，至于是 zotero 还是 calibre 都没关系，Emacs 只需要阅读 bib 这份索引即可。

我目前还没实现到 cite 的时候还能够直接引用到页码这个颗粒度，实际上我暂时放弃了直接回顾到原文的做法，而是尽量加强自己的笔记能力，和记忆能力。

让笔记足够的言简意赅，发现也很有好处，总结归纳逻辑能力均有所提高，记忆力也得到增强。因为我不是做学术，因此重判断，轻论据，目前这种情况还足够使用。

我现在用 zotero 7 来搜集和整理（能够兼容网页的搜集和整理，这点比较重要），希望有机会多切磋交流。

刚刚产生了一个想法，可以用 zotero 7 收集网页，用 calibre 来管理电子书，然后让 org-ref 或 org-citar 不同的插件来阅读不同的 bib 文件，你觉得可行吗？

yuchen-lea · 2024 年7 月 6 日 13:01

自用，有点乱，可能有些调用函数没贴上来，您暂且将就

用pdftool或者nov打开cite链接

(defun yuchen/filter-file (file-list ext)
  (let* ((ext-files (cl-remove-if-not (lambda (file)
                                        (string-suffix-p (concat "." ext) file))
                                      file-list))
         (num-matches (length ext-files)))
    (cond
     ((= num-matches 0) nil)
     ((= num-matches 1) (car ext-files))
     (t (cl-find-if (lambda (file)
                          (and (not (string-match-p "中文翻译" file))  ;; 当有多个文件时，打开原文件，排除翻译
                               ))
                        ext-files)))))

(defun yuchen/get-target-doc (docs &optional doc-location)
  (let* ((epub-path (yuchen/filter-file docs "epub"))
         (pdf-path (yuchen/filter-file docs "pdf")))
    (cond
     ((= 0 (length docs)) nil)
     (doc-location (if (string-match ":" doc-location)
                       epub-path
                     pdf-path))
     (t (or epub-path pdf-path)))))

  (defun yuchen/org-ref-open-file-at-point-in-emacs (&optional ask-where-to-open)
    "Open the pdf for bibtex key under point if it exists."
    (interactive)
    (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
           (key (car results))
           (docs (bibtex-completion-find-pdf key))
           (doc-location (nth 3
                              (org-link-edit--link-data)))
           (epub-path (yuchen/filter-file docs "epub"))
           (pdf-path (yuchen/filter-file docs "pdf"))
           (doc-path (yuchen/get-target-doc docs doc-location))
           (doc-type (file-name-extension doc-path))
           doc-buffer doc-window
           link-path)
      (if (and doc-path
               (file-exists-p doc-path))
          (progn
            (if doc-location
                (setq link-path (format "%s::%s" doc-path doc-location))
              (setq link-path doc-path))
            (setq doc-buffer (find-buffer-visiting doc-path))
            (setq doc-window (get-buffer-window doc-buffer t))
            (if (and (not ask-where-to-open)
                     doc-buffer
                     doc-window)
                (select-window doc-window)
              (ace-select-window))
            (cond
             ((string= doc-type "pdf")
              (org-pdftools-open-pdftools link-path))
             ((string= doc-type "epub")
              (if doc-location
                  (nov-org-link-follow link-path)
                (find-file doc-path))
              )))
        (message "No document found for %s" key))))

  (setq org-ref-open-pdf-function 'yuchen/org-ref-open-file-at-point-in-emacs)

从pdftool储存带有页码的cite链接

  (defun yuchen/org-pdftools-store-link ()
    "Store a link to a pdfview/pdfoccur buffer."
    (cond
     ((eq major-mode 'pdf-view-mode)
      (let* ((file (file-name-base (pdf-view-buffer-file-name)))
             (key (yuchen/org-ref-get-bibtex-key-by-file-path
                   file))
             (page (number-to-string (pdf-view-current-page)))
             )
        (if key
            (progn
              (org-link-store-props :type "cite"
                                    :link (format "cite:%s" key)
                                    :description page)
              )
          (org-link-store-props :type org-pdftools-link-prefix
                                :link (org-pdftools-get-link):description
                                page))))
     ((eq major-mode 'pdf-occur-buffer-mode)
      (let* ((paths (mapconcat #'identity
                               (mapcar #'car pdf-occur-search-documents)
                               "%&%"))
             (occur-search-string pdf-occur-search-string)
             (link (concat org-pdftools-link-prefix ":" paths
                           "@@" occur-search-string)))
        (org-link-store-props :type org-pdftools-link-prefix
                              :link link
                              :description (concat "Search: " occur-search-string))))))

  (advice-add #'org-pdftools-store-link :override #'yuchen/org-pdftools-store-link)

yuchen-lea · 2024 年7 月 6 日 13:10

这当然是正道，我比较依赖引用到页码这个颗粒度是因为：

个人的输入的速度要大于输出的速度，可能输入七八本，才有一本会比较认真地深度加工。但是其他的笔记我也希望在未来被搜索到的时候，可以快速跳转到原文，进一步处理。
我的阅读和笔记过程是异步的，前者是在平板进行，大都是地铁通勤时间；后者在电脑进行。在电脑整理笔记的时候，有时需要跳转到原文，回顾上下文

没问题，zotero和calibre都可以导出bib且输出稳定的bib key。我现在用前者管理论文，后者管理图书。