Org-mode 9.6 在很多地方引入了 Org parser API，所以当你的 org 文件过大的时候，解析时会遇到明显的性能问题。比如说 org-clock-in，当 LOGBOOK 里面的条目过多时，由于每次匹配时都会调用 org-element-at-point ，速度比 Org-mode 9.5.5 慢了一个数量级。
在邮件列表提问后，才发现原来有个变量 org-element--cache-self-verify 可以控制：
Documentation
Activate extra consistency checks for the cache.
This may cause serious performance degradation depending on the value
of org-element--cache-self-verify-frequency.
通过设置 org-element--cache-self-verify 或 org-element--cache-self-verify-frequency 后，速度虽然没有 9.5.5 版本快，但是在一个能接受的范围了。