我的建议是你先根据你的习惯随便选一种方式应用到你的实际生活工作中去，大概用个一个月左右再来考虑结构性的问题。这个问题都是非常个人化的，与你个人的具体情况不直接相关的“预先思考”实际是在试图解决一个通用问题，然而你既不需要解决这个通用问题(你只用解决这个问题与你相关的部分)，这个通用问题也有可能没有解。
Donald Knuth (The Art of Computer Programming的作者) 说过的一段关于编程的一段话我深以为然："Premature optimization is the root of all evil "。这段话同时也适用于其他很多方面。
关于笔记记录的这个问题，我也可以给你提供一个我个人的使用体验供你参考，你自己的方式还是要从你自己的使用经验中总结出来。我个人是十分看重思考过重中不被打扰同时也不希望增加负担的。因此，我的记录无一例外在最初的时候都是散乱的。很多时候都是在每日的日记中起始，有点什么需要记录的就往里面塞。在每天快结束准备睡觉的时候再来考虑每段记录应该放在什么地方，有的时候可能需要到第二天再来做这种事情。觉得没有明确归类的就让它躺在日记里就行。除了电脑上的文本类型的记录外，我自己也有一个平板上有手写的笔记软件，无法直接形成文本的想法或者思考过程都是直接在上面完成的。笔记这东西本质是帮助你整理思路的工具，其次才是方便以后查询。就我的个人体验而言，需要回看的机会并不多。真正需要反复应用的，在你多次使用后在重新整理为更加结构化的方式是一种更为合理的方案。我始终觉得一般不要试图去解决一个你还没有遇到的问题，特别是在日常生活中。