但是有个问题跟工具无关, 而是结构上应该选择哪一种更好?
“Notion follows a hierarchical structure and asks users to decide where to put a note before they even write it, while Obsidian encourages a more bottom-up approach, allowing users to create notes first and decide where they fit in later. Notion 遵循分层结构，要求用户在写笔记之前决定在哪里放置笔记，而 Obsidian 鼓励一种更自下而上的方法，允许用户先创建笔记，然后再决定它们适合的位置。”
哪怕我转成用Emacs Org-mode, 好像也只能在hierarchical structure和bottom-up approach(zettlekasten)之间选择使用一个结构来组织笔记是吗? 大家是怎么选择的?
你应该先形成自己的工作流，然后再挑选工具吧
我目前使用的是分层结构和卡片式笔记混合的方法。
将一部分笔记以卡片的形式记录，这部分笔记具有简短、工具性强、直白的特点。比如 code snippet 、Emacs 使用技巧、历史小故事、沟通技巧等。
而分层笔记负责体系化更加明显的笔记，比如说研究综述、语法理论、报告讲稿、深度思考的结果、读书笔记和游记等。
我希望采用这种混合式的方法来折衷分层笔记的高创作成本和卡片笔记的高维护成本。
其实任何笔记都是混合式的，即使是卡片笔记，内部也有分层结构；即使是分层笔记，每一叶子节点都可以视为一个卡片。现有成熟的笔记软件基本上都能模拟出来对这些笔记方式的支持。
我选择 Emacs 和 org-mode，而不是 notion 和 obsidian 。是因为 org-mode 提供了 subtree，refile 等功能，可以方便的在两种笔记形式中做出转换。比如说一篇过于复杂的分层笔记，就可以拆解成几个卡片，而许多零碎的卡片，又可以自下而上构建更有体系感的层次笔记。
选择 Emacs 的另一个原因是，Emacs 是我的工作环境，对于卡片式笔记，我希望达到速查的效果，如果我把一些 code snippet 或者其他热知识记在了其他笔记软件上，我想在写代码的时候查看就需要先切换软件，非常不舒服。相应的，我写代码时积累的热知识，也可以迅速记到卡片上。
我有一个同学是法学生，他在我的安利下先使用了 Emacs，后来又转了 Obsidian。这是因为他并不涉及编程工作，所以 Emacs 对他而言就是一个笔记软件，在这方面反而不如 Obsidian 对非编程人员友好。
（另外 org-roam-ui 太好看了，发布到博客上泰酷辣！）
我主要是分层结构。没有整理的摘录先集中在单一一个org文件里，大多是浏览器里通过org-dowload插件收集。仔细理解整理后一定通过refile放入分层结构org里，这一步个人认为在各种笔记软件里是独一无二的方便，只有用上了refile才有动力经常整理自己的org文件，粗略的做到GTD的前期。
GTD的后期REVIEW,我做的不好，但是可以确认的是ORG的分层结构是有帮助的。也许是结构化帮助记忆吧，也可能是经常refile相关的信息天然就慢慢集中，review的时候更方便，也容易集中精力
确实，refile 也是后期复习和维护笔记的一种体现，我也希望最终所有的笔记都是呈现高秩序的特点。
不过我个人感觉确实有些笔记本身就非常没有层次结构，比如一些编程语言写法，“如何写条件分支”和“如何写循环”这种笔记，确实可以放置到某个层次之下（比如“控制流”），但是这两者其实散着也挺好的，哈哈哈哈哈。
长期用过evernote,joplin,onenote， 也学习使用过notion，关注比对过obsidian 但是自从用上orgmode后就不看其它的了，为此自己慢慢从常年的VIM用户变为VIM+EMACS双修，当然是少不了EVIL
用 org-mode 就不必担心这种区别，你完全可以自由放任的按照自己的笔记方法来使用。 因为 Emacs 的定制性是无限的，理论上，你可以完全根据自己的需求来定制。
当然，你首先要熟悉 org-mode。建议你先进行一定程度的了解之后，再上来提问题。
因为你提到Notion，Obsidian，这些都号称是第二大脑知识库的存在
但我先说我的结论，笔记无用。
用过Obsidian，也用过logseq，也用过 org-mode
甚至在使用Obsidian的时候设计过一套自己的知识链接系统。什么How,What,Why ，每个概念放在what里面，how里面就放用法，需要链接到每一个what，因为obsidian不就是双链么，然后当时想的也是尽可能链接要多，这样感觉大脑里面联系也会变多。但感觉，没啥卵用。
现在我个人的想法是：目的是什么？学习还是生产
要区分学习工具和生产工具
我个人觉得为了学习记笔记不是件效率很高的事情
如果是学习，有一个方法是 相信直觉法，默认相信自己的直觉是对的，在学习的过程中，任何违背自己直觉的时候出现，就要警觉，开启纠正错误直觉，要搞懂，然后再次相信自己直觉
搞懂的过程中，anki+blog分享，把最小单元的知识点放到anki里面去，这里的原则就是每张卡片就是小的不能再小的知识点。
比较综合型的问题，比如为什么xxx这类的问题，就写成一篇6-10min阅读量的blog，这里的原则也是涉及到的篇幅不要过大，集中，一方面就是降低写作的心理门槛，另一方面带着 分享，如果也有其他人遇到这样的问题，能帮助他就好的心态写作
大脑中的联系不会因为你笔记上链接多了才会多，多重复（anki），多输出（blog）才是正道
恰好这两个在Emacs中都可以很方便的嵌合，我个人是（anki-editor），blog（jekyll，emacs中写md，然后自己写了一个插件可以很方便的创建一个blog）
我现在正在践行这个方法论，目前感觉是比较适合我的。
至于生产工具，要写大部头的，latex，md这些更多的就是内容方面的了，很多工具都可以，emacs更可以。
至于除了记东西之外的功能 Emacs不是吊打么。它是一个“操作系统“啊
我的建议是你先根据你的习惯随便选一种方式应用到你的实际生活工作中去，大概用个一个月左右再来考虑结构性的问题。这个问题都是非常个人化的，与你个人的具体情况不直接相关的“预先思考”实际是在试图解决一个通用问题，然而你既不需要解决这个通用问题(你只用解决这个问题与你相关的部分)，这个通用问题也有可能没有解。
Donald Knuth (The Art of Computer Programming的作者) 说过的一段关于编程的一段话我深以为然："Premature optimization is the root of all evil "。这段话同时也适用于其他很多方面。
关于笔记记录的这个问题，我也可以给你提供一个我个人的使用体验供你参考，你自己的方式还是要从你自己的使用经验中总结出来。我个人是十分看重思考过重中不被打扰同时也不希望增加负担的。因此，我的记录无一例外在最初的时候都是散乱的。很多时候都是在每日的日记中起始，有点什么需要记录的就往里面塞。在每天快结束准备睡觉的时候再来考虑每段记录应该放在什么地方，有的时候可能需要到第二天再来做这种事情。觉得没有明确归类的就让它躺在日记里就行。除了电脑上的文本类型的记录外，我自己也有一个平板上有手写的笔记软件，无法直接形成文本的想法或者思考过程都是直接在上面完成的。笔记这东西本质是帮助你整理思路的工具，其次才是方便以后查询。就我的个人体验而言，需要回看的机会并不多。真正需要反复应用的，在你多次使用后在重新整理为更加结构化的方式是一种更为合理的方案。我始终觉得一般不要试图去解决一个你还没有遇到的问题，特别是在日常生活中。
我还是推荐先从卡片笔记开始
推荐一篇文章
我也有这种体会，抄书是没用的，只有记录自己对某一问题的体会比较有用。
就你说的工具来说, 你用成啥形式都可以, 没有任何机制限制你
非常认同这个观点。
感觉唯一重要的是思考，没办法让我们产生体会的东西没有啥意义。写作的过程实际上是思考的过程，更多的是面向自我的表达。所以，最重要的是写本身，至于使用什么工具，甚至书写的形式都不重要。
笔记则是思考的一个痕迹。这些东西在当下可能作用不大，但过一段时间之后翻看起来就会感觉非常有价值，至少会很有趣。所以笔记很重要，首先是笔记的量很重要，由此可以促使我们进入思考的状态，其次是笔记的回看率很重要，因为这样会帮助我们把一件事情思考得更加深入，与这两点能够强关联的功能就是笔记存储的安全性和可检索性。除此之外，就没有什么需要纠结的了——笔记的格式、媒介之类的，都是次要的，只要能够帮助我们积极地记录并时不时回顾一下，都是好的工具。
Org 和 md 都有一个缺陷, 就是像这样
* 大标题
首段...
** 小标题
小节
尾段...
尾段 没法在结构上提升到和 首段 同一个层次. 我期望的结构是这样:
(大标题 . (首段 (小标题 . (小节)) 尾段))
这样做当然是可以的, 但是有些修改太底层了 (比如你可能需要 hack org-mode 的源代码), 代价是丧失对其它 API 的兼容性.
最后一段也应该放 * 作为标题啊
正常的结构不应该这样么？
结构化就是，要么全结构化，要么就别结构化。
结构化就这么被你定义了?
你只使用这种结构不代表别人也使用, 或者说你单纯是没 考虑过/遇到 需要换一种结构的场景. Org 允许 文本 与 标题 并列, 例如
* 标题
文本
** 子标题
子文本
again, 它可以翻译成
(标题 . (文本 (子标题 . (子文本))))
的树形结构, 现在只是需要允许在 (子文本)_)_ 后面添加文本, 我想请教一下这有什么不合理的地方?
不仅是orgmode和md吧，其他的结构化工具是不是也不支持，比如 msoffice，wps。
我理解大标题下的首段并不是和小标题同级，而是对大标题的解释或者一些细节描述。 根据金字塔原理，同级内容最好说的是同一个维度的事（大概意思吧）。
另外，实现上也没法区分到底是小标题下面的小节、还是尾段吧？除非增加新的标记，如果要新加标记，为什么不考虑直接用小标题呢？
至少在 org number mode （大概叫这个，给标题加序号的mode）下，常规的“开头”与“总结”配不上专门指定一个标题。 否则就会出现这种情况：
标题序号和论点的序号不是一一对应，笨拙。而且大部分情况下我都懒得写 论点序号 ，这玩意也不该手写。按照现有机制，如果你非要另起标题的话（如上例所述），就很难通过自动添加的序号直接看出论点数量与排位
我只是指出 org 的一个缺陷，没指望它修复。我的办法是干脆不加“结尾”段，个人品味，我觉得另起标题不够优雅罢了
org-num-mode，如果想跳过特定的标题，可以参考这个里面的做法
这个自动变成尾段的，感觉 org-mode 和 markdown 是没有办法做到的，设计之初应该就没有这个，应该也不会支持。它们知道一个 heading 的起始，但没有一个明确能指示一个 heading 结束的标记，只是单纯的用下一个 heading 的开始当作了当前 heading 的结束。如果想要严格的边界，latex 这种应该才能做到
有的人需要尾段，有的人不需要，这个应该更适合个人定制
感谢. 其实还有个难点, 就是取一个有意义的标题.
像 “开头” 段落 是可以直接通过其位置体现出段落的作用的. 把段落直接放在大标题下, 不需要另起一个名为 “开头” 的小标题, 读者就知道这是总领下文的段落.
如果要额外添加一个 “开头” 的小标题, 一是有些变扭, 因为它自身所处的位置已经有 “开头” 的语义了; 二是 “开头” 是一种低熵标题, 不如不写.
LaTeX有点重量级就先不用了. 现在 org 只允许不写 “开头” 的小标题, 我选择放弃 “结尾” 段落 (或者把语言凝练一下, 把尾段想表达的思想掺杂到起始段落中), 维持这种协调性.