但是有个问题跟工具无关, 而是结构上应该选择哪一种更好?
“Notion follows a hierarchical structure and asks users to decide where to put a note before they even write it, while Obsidian encourages a more bottom-up approach, allowing users to create notes first and decide where they fit in later. Notion 遵循分层结构，要求用户在写笔记之前决定在哪里放置笔记，而 Obsidian 鼓励一种更自下而上的方法，允许用户先创建笔记，然后再决定它们适合的位置。”
哪怕我转成用Emacs Org-mode, 好像也只能在hierarchical structure和bottom-up approach(zettlekasten)之间选择使用一个结构来组织笔记是吗? 大家是怎么选择的?
你应该先形成自己的工作流，然后再挑选工具吧
我目前使用的是分层结构和卡片式笔记混合的方法。
将一部分笔记以卡片的形式记录，这部分笔记具有简短、工具性强、直白的特点。比如 code snippet 、Emacs 使用技巧、历史小故事、沟通技巧等。
而分层笔记负责体系化更加明显的笔记，比如说研究综述、语法理论、报告讲稿、深度思考的结果、读书笔记和游记等。
我希望采用这种混合式的方法来折衷分层笔记的高创作成本和卡片笔记的高维护成本。
其实任何笔记都是混合式的，即使是卡片笔记，内部也有分层结构；即使是分层笔记，每一叶子节点都可以视为一个卡片。现有成熟的笔记软件基本上都能模拟出来对这些笔记方式的支持。
我选择 Emacs 和 org-mode，而不是 notion 和 obsidian 。是因为 org-mode 提供了 subtree，refile 等功能，可以方便的在两种笔记形式中做出转换。比如说一篇过于复杂的分层笔记，就可以拆解成几个卡片，而许多零碎的卡片，又可以自下而上构建更有体系感的层次笔记。
选择 Emacs 的另一个原因是，Emacs 是我的工作环境，对于卡片式笔记，我希望达到速查的效果，如果我把一些 code snippet 或者其他热知识记在了其他笔记软件上，我想在写代码的时候查看就需要先切换软件，非常不舒服。相应的，我写代码时积累的热知识，也可以迅速记到卡片上。
我有一个同学是法学生，他在我的安利下先使用了 Emacs，后来又转了 Obsidian。这是因为他并不涉及编程工作，所以 Emacs 对他而言就是一个笔记软件，在这方面反而不如 Obsidian 对非编程人员友好。
（另外 org-roam-ui 太好看了，发布到博客上泰酷辣！）
我主要是分层结构。没有整理的摘录先集中在单一一个org文件里，大多是浏览器里通过org-dowload插件收集。仔细理解整理后一定通过refile放入分层结构org里，这一步个人认为在各种笔记软件里是独一无二的方便，只有用上了refile才有动力经常整理自己的org文件，粗略的做到GTD的前期。
GTD的后期REVIEW,我做的不好，但是可以确认的是ORG的分层结构是有帮助的。也许是结构化帮助记忆吧，也可能是经常refile相关的信息天然就慢慢集中，review的时候更方便，也容易集中精力
确实，refile 也是后期复习和维护笔记的一种体现，我也希望最终所有的笔记都是呈现高秩序的特点。
不过我个人感觉确实有些笔记本身就非常没有层次结构，比如一些编程语言写法，“如何写条件分支”和“如何写循环”这种笔记，确实可以放置到某个层次之下（比如“控制流”），但是这两者其实散着也挺好的，哈哈哈哈哈。
长期用过evernote,joplin,onenote， 也学习使用过notion，关注比对过obsidian 但是自从用上orgmode后就不看其它的了，为此自己慢慢从常年的VIM用户变为VIM+EMACS双修，当然是少不了EVIL
用 org-mode 就不必担心这种区别，你完全可以自由放任的按照自己的笔记方法来使用。 因为 Emacs 的定制性是无限的，理论上，你可以完全根据自己的需求来定制。
当然，你首先要熟悉 org-mode。建议你先进行一定程度的了解之后，再上来提问题。
因为你提到Notion，Obsidian，这些都号称是第二大脑知识库的存在
但我先说我的结论，笔记无用。
用过Obsidian，也用过logseq，也用过 org-mode
甚至在使用Obsidian的时候设计过一套自己的知识链接系统。什么How,What,Why ，每个概念放在what里面，how里面就放用法，需要链接到每一个what，因为obsidian不就是双链么，然后当时想的也是尽可能链接要多，这样感觉大脑里面联系也会变多。但感觉，没啥卵用。
现在我个人的想法是：目的是什么？学习还是生产
要区分学习工具和生产工具
我个人觉得为了学习记笔记不是件效率很高的事情
如果是学习，有一个方法是 相信直觉法，默认相信自己的直觉是对的，在学习的过程中，任何违背自己直觉的时候出现，就要警觉，开启纠正错误直觉，要搞懂，然后再次相信自己直觉
搞懂的过程中，anki+blog分享，把最小单元的知识点放到anki里面去，这里的原则就是每张卡片就是小的不能再小的知识点。
比较综合型的问题，比如为什么xxx这类的问题，就写成一篇6-10min阅读量的blog，这里的原则也是涉及到的篇幅不要过大，集中，一方面就是降低写作的心理门槛，另一方面带着 分享，如果也有其他人遇到这样的问题，能帮助他就好的心态写作
大脑中的联系不会因为你笔记上链接多了才会多，多重复（anki），多输出（blog）才是正道
恰好这两个在Emacs中都可以很方便的嵌合，我个人是（anki-editor），blog（jekyll，emacs中写md，然后自己写了一个插件可以很方便的创建一个blog）
我现在正在践行这个方法论，目前感觉是比较适合我的。
至于生产工具，要写大部头的，latex，md这些更多的就是内容方面的了，很多工具都可以，emacs更可以。
至于除了记东西之外的功能 Emacs不是吊打么。它是一个“操作系统“啊