flymake 的代码是写死的, 估计 eglot 和 flymake 都是同一个作者, 感情在那里, 不会删除的.
我写了一段代码可以解决你说的问题:
(dolist (hook (list
'js-mode-hook
'ruby-mode-hook
'python-mode-hook
'go-mode-hook
))
(add-hook hook '(lambda ()
(run-with-timer "5sec" nil (lambda () (flymake-mode -1)))
(eglot-ensure)
)))