标准 Markdown 并不支持表格。所以不同 Markdown 所拓展的语法不尽相同。Emacs 的 markdown-mode 所支持的语法也不见得就是你用的解析器的语法。
此外,Emacs 的 markdown-mode 并没有原生导出功能,它默认调用的是系统程序 markdown,似乎并不支持表格导出。如果你对此不满意,请自己换一个程序。
markdown
(所以为什么不直接用 org mdoe 呢?)