elpy作为python的环境，会自动通过elpy-project-root函数确定变量elpy-shell-use-project-root的值，作为当前python源码文件的根目录。
以我的项目为例，当前编辑的文件为: ~/project/template/c4-1，自动识别的项目路径为~/project。这样的自动识别结果有时未必是我们需要的，比如在这个项目录中希望项目根目录为c4-1。如果按默认路径来，在c4-1下的所有自定义包都没法用相对路径正确引用。
考虑到我并不需要这样的自动设定，在配置文件中禁止该项功能，避免了自定义包找不到的问题。
(setq elpy-shell-use-project-root nil)
这个问题折磨我了半个工作日，终于在elpy项目的issue列表中找到了答案，与各位分享。
参考：Elpy doesn't recognize my module · Issue #1300 · jorgenschaefer/elpy · GitHub