功能差不多。
flycheck默认支持的语言更多，开箱即用做得更好。
flymake默认支持的少，不支持的语言需要自己配置。默认支持的语言配置比较古老，可能指定的命令行程序linter已是非主流.
虽然flycheck更流行，但我用flymake,因为flycheck模块化不好，所有代码都放在一个文件 （ https://github.com/flycheck/flycheck/blob/master/flycheck.el ），有点过重。
如果熟悉命令行程序和Lisp的话，可以把flymake打造得更轻量级一点。例如，只在保存当前buffer时启动检查， flymake 设置为“保存时检查”后遇到的问题：需要重复保存两次才能提示正确的检查结果
flymake定制可以从flymake-proc-allowed-file-name-masks, flymake-proc-err-line-patterns看起。
有一个flymake的优化技巧值得一提， 官方的例子都是把当前buffer复制到一个临时文件。如果采用了之前提到的保存时才启动linter检查的方案，那么临时文件就没有必要了，这样实现简单，性能也更好。这里是给eslint写的实现， https://github.com/redguardtoo/lazyflymake/blob/master/lazyflymake-eslint.el