参考这个帖子 Emacs builtin mode 功能介绍 - #83，来自 Youmu eshell 则是完全由 elisp 实现的 shell，语法与与 bash/zsh 的语法不完全一致，所以不支持 conda 命令？
anaconda-mode 和 conda 没啥关系（我也不知道他为啥取这个名字），是提供代码导航，补全等功能的一个包，虽然现在可能更建议用 lsp（看个人喜好）。
conda.el 这个包才是帮助在 Emacs 中与 conda 环境交互的，具体使用请阅读 README，你先确保能通过 M-x conda-env-activate 和 M-x conda-env-deactivate activate 或 deactivate，再考虑自动的事情 GitHub - necaris/conda.el: Emacs helper library (and minor mode) to work with conda environments
另外如果只是希望命令行自动切换，也可以使用 direnv 这个工具