破案了。
这不是 Windows defender 的锅（也难怪改 Windows Defender 一点效果都没有），而是智能应用控制： Windows 安全中心 应用中的应用 & 浏览器控件（ Smart App Control ）
打开 SAC 评估模式之后 Windows 会检查应用，判断没问题再放行，所以第一次就很慢。如果还要加载 eln 文件那就是极其的慢。
在重新使用 --with-native-compilation=aot 编译 Emacs 并重启系统尝试打开 Emacs 后，启动时间正常了：
总算是能在 Windows 11 下愉快地使用带 native-comp 的 Emacs 了。我之前也用过一段时间的 Win11 但没遇到这个问题，可能是因为先前的 Win11 版本还没有引入这个功能，而且这个功能只能在 新安装 的 Win11 系统上才能开启，而且一旦手动关闭就无法打开了。
(P.S. Re: Speeding up loading when load-path has many packages 也许能进一步改善 Emacs 启动速度.)