这问题我也碰见过，似乎还没有一个一定能解决的方法。。。
首先可以试试把 custom-set-faces 里面的东西都删掉，参考这个 issue。按我的经历，这样子肯定能解决，但是之后还有可能又乱掉。
然后有人说 theming layer 可以解决问题，我也没试过。
我用 spacemacs-light 和 monokai 两个主题，当时是在 private 配置层里简单地 use-package monokai-theme 了一下，重点是一定要写一个 :commands monokai-theme，不然当 dotspacemacs-themes 里面第一个是其他主题时就还会乱掉。我也不懂为什么会这样，总之翻了当时写的笔记是这么说的 
，这么弄了以后就再也没乱过。
总之我解决这个问题的经过就是这样，希望能帮到楼主。