我的新装的 Ubuntu 16.04 （默认的 Unity 和英文环境）也有类似的问题，切换至 fcitx-googlepinyin 的按键确实是被操作系统接受了，但是输入法还是调不出来。其他的 GTK 程序比如 gedit 之类的都没有这个问题。真是太奇怪了。
根据 Arch wiki 上的提示（Emacs 无法使用输入法），一个 work-around 是把 LC_CTYPE 设为中文，我用的是下面的方法：
$ LC_CTYPE=zh_CN.UTF-8 emacs --daemon
$ emacsclient --create-frame --no-wait
（背景：我只习惯用 GUI 下的 Emacs，不然的话鼠标、菜单、按钮、字体等都用不上了。）
只设置 LC_CTYPE 的话，ispell 还是能正常工作（对我来说是能检测英文）的。
目前还是不清楚问题出在哪里，以及如何解决。