"建议要用python的同学，不要使用emacs 25的版本"

Spacemacs
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(setq package-user-dir (format "%s/elpa-%s" user-emacs-directory emacs-version))

另，我不确定 spacemacs 是否允许修改 package-user-dir。

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spacemacs 不允许修改 package-user-dir。 可以这样：

(defun configuration-layer/initialize ()
  "Initialize `package.el'."
  (setq configuration-layer--refresh-package-timeout dotspacemacs-elpa-timeout)
  (unless package--initialized
    (setq package-archives (configuration-layer//resolve-package-archives
                            configuration-layer--elpa-archives))
    ;; optimization, no need to activate all the packages so early
    (setq package-enable-at-startup nil)
    (setq package-user-dir (format "%s/elpa/%s/" user-emacs-directory emacs-version)) ;; <-- package-user-dir
    (package-initialize 'noactivate)))
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正在用emacs25+elpy. 目前没发现问题

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我已经在怀疑是不是我的linux下的emacs版本有问题。

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我用的是Ubuntu16.04 Emacs25写python2和python3都没啥问题，Emacs自己编译的

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你有没有出现过 C+c C+c 下写好的 py 不能执行，而在操作系统的 command 下却可以执行？

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不会吧， 我的非常流畅， 补全速度简直了比IDE还快。