calibre可以导入文件夹，只要你不要求保留原文件夹的结构。如果你想同时保留原目录结构和calibre的管理功能，可以考虑添加symbolic link到calibre。
我知道有两种方法：
- calibredb.el 有此功能 calibredb.el/calibredb-org.el at develop · chenyanming/calibredb.el 不过目前仅develop分支有此功能，点击链接似乎是跳转到对应calibre条目
- calibre导出bib书目，再用org-ref插入链接（cite:XXX）。这是我目前在用的方案，好处在于点击链接的操作更多样。比如：
- 新建或跳转到笔记，如果是图书则打开org-noter，如果是音视频，则启用 [新插件] org-media-note 为视频和音频做交互笔记 （新支持在线视频） 做笔记
- 直接打开对应的豆瓣页面
- 跳转到calibredb.el或calibre GUI的条目
- 用外部应用打开对应书籍
- email 当前书籍
下图为点击org-ref链接后的动作列表：
