最终的解决方法：不使用valign插件，通过设置所有字体为Sarasa Mono SC解决。
产生问题的原因确实如楼上所说，是因为同时开启了行号与indent，另外导致--出现ligature应该是valign的行为导致的替换。目前由于行号与indent我都比较不能割舍，因此只能舍弃valign与Cascadia Code的英文字体，统一使用Sarasa Mono SC（建议设置semi-bold作为:weight，否则有些太细）之后，基本表格的对齐是很完美的，似乎没有出现https://emacs-china.org/t/valign-org-indent-mode/15325/15?u=wang1zhen中所说的相差一个英文字符无法对其的情况。
总的来说，在valign插件兼容行号显示与indent之前，这应该是相对比较低成本的解决方案了。