虽然我不太确定你说的索引变化是什么，但是除了上面朋友给出的更新一个文件夹下所有org文件中的id的方案，还可以自动在保存文件时为所有heading添加id，以后就不用在意id的问题了。
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翻出自己之前在论坛里总结的帖子，供参考：
我现在的工具和流程有变化，但思路差不多
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我一开始就是直接使用的spacemacs，enable一些layer就能用。后续在user-config里也改了一些设置，文档写的挺完善的。所以到目前为止，我觉得学习曲线还行。
另外我最喜欢的就是spacemacs的keybinding，evil我是真不喜欢 
你可以试试 emacs writing studio：GitHub - pprevos/emacs-writing-studio: Emacs configuration for authors who research, write and publish articles, books and websites. 本身是作者专门写了本书的 但是书的内容也放在这个仓库里了
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楼上各位大佬推荐的无论是doom还是spacemacs啥的 主要是目的是代码编辑器 所以大量的配置和你没关系 而这个ews专为写作设计 定制也方便 配置也简单就两个文件 算一个start kit吧
那我挺羡慕你不喜欢evil的，我已经习惯了，我要是配置崩了，需要用原始的emacs按键修改配置我要难受死。
我最开始也是用的spacemacs，一方面那时候不是很了解emacs，感觉配置有点看不懂，另一方面感觉spacemacs维护的也不是很积极，所以放弃了。我还是比较喜欢各个方面都由自己掌控的感觉。
但是 org-roam 做的很烂，没敢用
能否展开讲讲？
emacs原始的一些keybinding在macOS的native输入框也适用，比如C-a, C-e, C-f, C-b这些。无需任何配置就可以在Safari、Lark、Xcode等软件上获得一致体验，真的感觉很爽。所以我放弃了evil，即便我曾经是个vim用户。
当然，我最近也在琢磨从零写一个自用的emacs配置，我也喜欢完全掌控的感觉。
真的劝告，小拇指会感到受伤的，但不重复使用小拇指来按 control 就好一点。 我已经在练习用无名指按 control 了。
哈哈，我不会一直用小拇指按ctrl的。我是小拇指、无名指、小拇指+无名指交替着来。
好吧，直接说很烂确实有点没过脑。 主要是之前用的时候数据库重建，然后 org-roam 整体太庞大， 用起来很不习惯，我只想加一些功能，没想着直接重构我的工作流程。
org-roam有一个不用sqllite的克隆org-nodes,性能上据说比org-roam有提升，可以看看
Ctrl 和 Shift 得左右开弓用，一直用一侧，可能受不了。左右开弓，还可以。
org-roam对我来说主要有两个问题：
- 太重了：我希望有快速插入链接、查找反向链接等功能，其实在原生的基础上简单hack就行，而roam自己又做了一套capture、journal等功能，对我来说有点多余。
- 性能不佳：roam的很多功能依赖于sqlite，我用mac studio 重建 2w+ heading 的笔记库 db 需要4min，每次保存大文件有明显卡顿，搜索node也比helm-org慢很多
再一次推荐X-bows，用大拇指按ctrl很合理！
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英雄所见略同，我现在也是用这把
里面有多少node？
我是以 id 大纲组织笔记，因此一个heading一个node，就是2w+ node。org-roam用起来卡顿明显。
推荐一下 denote.el 相较于 roam 算是非常轻的双链库，其次的优势是他的设计逻辑是一套基于文件明来实现的，并且能兼容 MD ，txt 等文本格式，可能比较适合你从 OB 迁移
你双链跟 HomePage 的需求 应该都能满足
HomePage 可以基于 Org dynamic blocks 实现
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