会有一些的，你可以建立一个git仓库，添加.gitignore文件，过滤不需要的文件或者文件夹
操作系统一致，emacs版本一致，直接复制.emacs.d文件过去就可以了，会记录电脑信息，但只要不用desktop-save就没什么影响，我一直是这样在两台windows电脑使用emacs的。
复制麻烦，就用了syncthing自动同步两台电脑间的.emacs.d文件夹的全部内容。这样比较方便。 当然用git仓库来管理同步配置更好。
另外syncthing也有简单的版本控制功能，只是不如git，syncthing是可以自定义版本控制工具的，只是我一直不知道该怎么动手
这个方法是在本论坛看到的。