我觉得当然不是了，亲自试下应该就清楚了（我没试过）
完整的注释是：
;; custom-set-variables was added by Custom.
;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
;; Your init file should contain only one such instance.
;; If there is more than one, they won't work right.
可能是因为 Custom 要管理 custom.el 中的 (custom-set-variables ...) 这个表达式，如果有不止一个这样的表达式，可能会出问题。另外，“Your init file” 有可能是指没设置 custom-file 的情况。